1、逆转录病毒/噬菌体，整合部分基因组到宿主中，对宿主进行de novo测序时可能测得部分病毒序列。其他病毒，如果有polyA，可以测mRNA的时候测到病毒基因组。如果目的就是测病毒，建议直接准备样品送公司做病毒测序。
2、CHIRP-Seq（ Chromatin Isolation by RNA Purification ）是一种检测与RNA绑定的DNA和蛋白的高通量测序方法。
3、分析的目标区域有所不同。外显子捕获测序只针对基因组上已知的编码区，而转录组测序不仅针对基因组上已知的编码区，还能够检测非编码RNA等转录组的信息。外显子捕获测序只需要把测序结果比对基因组，分析序列差异。转录组测序既可以把测序结果比对基因组，也可以进行从头（deNovo）拼接。
4、因为RNA-Seq并不要求每个碱基都是正确的，它只要能够比对到转录本/isofrom上就行。当然，对于高错误率，也有一些解决办法。因为三代的测序错误是随机发生的，像Pacbio就可以利用CCS来一遍遍地测来进行纠错。不过，如果花太多的资源在纠错上，可能会导致最后unique Transcript会比较少，毕竟我们也不可能无限地去测。
5、未知的RNA病毒 denovo分析 –病毒RNA抽提 –反向富集，去除rRNA专有引物设计，去除宿主rRNA Ion Total RNA-SeqKit （48 reactions）构建全外显子或Small RNA文库；维持原始单链并减少偏向性和错误；低起始量建库：总RNA 200ng或5ngmiRNA。
1、此段变异为denovo突变是自己这代发生的，不是从父母遗传来的。父母皆为野生型父母都没有这个突变，符合家系遗传共分离有这个突变的有病状，没有这个突变的没有病状，这个突变和病状之间没有其它基因的干扰，很可能是单基因决定。基因检测是从血液或从其他体液和细胞检测一个人的DNA的技术。
1、DNA测序（DNA sequencing，或译DNA定序）是指分析特定DNA片段的碱基序列，也就是腺嘌呤（A）、胸腺嘧啶（T）、胞嘧啶（C）与鸟嘌呤的（G）排列方式。RNA测序则通常将RNA提取后，反转录为DNA后使用DNA测序的方法进行测序。
2、SSR ：Simple Sequence Repeat，简单重复序列。指的是基因组中由 1-6个核苷酸组成的基本单位重复多次构成的一段 DNA，广泛分布于基因组的不同位置，长度一般在 200 bp 以下。
3、二代测序（NGS），又称为高通量测序，是低成本、高准确度、一次可对多个样本的几十万甚至几百万条DNA分子同时进行快速测序分析的新一代测序技术，虽然已被广泛运用于临床，但尚无科学协会对其在肿瘤学实践中的应用提出建议。
4、少数呈簇状分布。在细胞遗传学水平上观察，Alu重复序列集中在基因转录最活跃的染色体区段内。在所有已知的基因内含子中，几乎都发现了Alu序列。
5、sample2测序深度为15，自然sample2的基因counts都比sample1的高很多。如若消除，计算比例即可。即针对每一样本，计算每一个基因counts相对于整体测序深度的比例。（2）不同基因的长度：例如geneA长度为1KB，geneB长度为10KB；那么geneB的counts数总体都大于geneA。若相除，则计算基因平均每KB的表达量即可。
6、外显子测序 外显子测序，也叫做外显子捕获测序。首先利用序列捕获技术将外显子区域的DNA捕获并富集，然后进行高通量测序。外显子测序主用用来分析基因组上的变异位点，包括SNP和INDEL。外显子区域占整个人类基因组1%的比例，但是却包含了85%左右的已知疾病变异。
1、illumina公司主打产品MiSeq测序仪、HiSeq X Ten测序仪、Miseq FGx测序仪、NextSeq 500/550桌上型测序仪、MiniSeq台式测序仪等，涵盖了不同的应用场景的不同需求。
2、CHIRP-Seq（ Chromatin Isolation by RNA Purification ）是一种检测与RNA绑定的DNA和蛋白的高通量测序方法。
3、重复率与去重后的测序深度：高通量测序中，重复率或冗余（Duplication）指的是数据中完全相同的序列占比。若重复率是20%，那么分析时需要舍弃20%的数据。去重后，平均测序深度为600X乘以（1-20%），即480X，这才是实际可用于分析的有效深度。去重后的平均测序深度对于生信分析至关重要。
4、深入探索生信之路：InDel变异揭秘 在高通量测序技术的引领下，生物体的遗传变异分析如虎添翼，其中，InDel突变作为关键的遗传变异类型，为我们揭示生命密码提供了重要线索。本期我们将聚焦InDel，从概念解析到实际应用，全方位解析这一遗传变异的奥秘。
